Polscy informatycy wezmą udział w badaniach nad eksposomem, czyli nad długofalowym wpływem środowiska na zdrowie człowieka – od okresu płodowego aż do śmierci. W europejskim projekcie wartym 100 mln euro naukowcy z Interdyscyplinarnego Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego (ICM) Uniwersytetu Warszawskiego będą rozwijać oprogramowanie bioinformatyczne.
Czynniki środowiskowe mają istotne znaczenie w zachorowalności na choroby onkologiczne, układu krążenia, zaburzenia oddechowe czy choroby cywilizacyjne. Do tej pory nie podejmowano systematycznych badań, bo nauka nie wypracowała jeszcze odpowiednich metod i narzędzi. Obecnie rozwój technologii pozwala na coraz dokładniejsze badania wpływu środowiska na kondycję zdrowotną człowieka. Polacy mają w tych badaniach zapewnić wysoko wydajne, skalowalne oprogramowanie niezbędne do analizy danych genetycznych.
ICM jest zaangażowane w projekt Human Exposome Assessment Platform (HEAP) koordynowany przez prof. Joakima Dillnera z Karolinska Instituet (Sztokholm, Szwecja). Na badania prowadzone przez 11 partnerów z Europy przeznaczono prawie 12 mln euro.
Narzędzia stworzone m.in. przez polskich informatyków pozwolą na analizę danych związanych z zachorowalnością i prewencją w wybranych chorobach onkologicznych. Będzie je można stosować w bazach opisujących przyzwyczajenia konsumenckie. Projekt HEAP obejmuje również analizę danych pochodzących z opasek noszonych przez kobiety w ciąży. Sensory umieszczone w opaskach pozwalają na pomiar czynników środowiskowych takich jak flora bakteryjna czy pyłki. W pierwszej kolejności uwzględnione zostaną dane pochodzące ze Szwecji, Danii i Finlandii.
Obecnie pewna część oprogramowania bioinformatycznego nie jest dostosowana do systemów obliczeniowych wielkiej mocy – szczególnie tych dostępnych w centrach superkomputerowych. Zadaniem ICM jest rozwój lub dostosowanie istniejącego oprogramowania do najnowszych architektur wieloprocesorowych, tak by w pełni wykorzystać dostępne moce obliczeniowe, a jednocześnie znacząco skrócić czas potrzebny na wykonanie analiz.
mówi prof. Piotr Bała z ICM
W Polsce przeprowadzono już prace nad wysoko wydajną wersją oprogramowania NCBI-BLAST do porównywania sekwencji DNA. Weicej informacji na ten temat można znaleźć tutaj.
Aplikacja pozwala na efektywne wykorzystanie zasobów superkomputerowych i na ponad 100-krotne, w porównaniu do typowej stacji roboczej, skrócenie czasu analizy danych genetycznych – z tygodni do pojedynczych godzin. Opracowane w ICM UW oprogramowanie jest szybsze od konkurencyjnych rozwiązań i znacznie wygodniejsze w użyciu.
zapewnia prof. Bała
ICM na Uniwersytecie Warszawskim jako jedyna instytucja z Polski współtworzy Sieć European Human Exposome Network. Sieć ta podejmie na szeroką skalę badania nad eksposomem, realizując 9 projektów na łączną kwotę ponad 100 mln euro. W programie uczestniczy 126 instytucji, głównie akademickich, z całej Europy.
źródło: naukawpolsce.pap.pl
